ปลาไหลจะวางไข่ช่วงเดือนพฤษภาคม - กรกฎาคม มากที่สุด ปลาไหลนามีการวางไข่ 2 รูปแบบ คือ วางไข่บริเวณกอหญ้าหรือพืชน้ำอื่นๆ โดยปลาเพศเมียและเพศผู้จะจับคู่และก่อหวอดเป็นฟองขาวๆบริเวณกอหญ้าบนผิวน้ำแล้ววางไข่ และอีกแบบหนึ่งคือ วางไข่ปากรูโดยปลาไหลเพศเมียใช้ลำตัวดันดินปากรูให้เป็นโพรงและให้โพรงสูงกว่าระดับน้ำประมาณ 1 นิ้ว เพื่อให้ไข่ลอยอยู่ในโพรงได้ และจะคอยระวังศัตรูอยู่ภายในรู ปลาไหลจะเลี้ยงลูกจนมีขนาด 3-4 นิ้ว โดยลูกปลาจะกินซากพืชและสัตว์หรือแมลงน้ำตัวเล็กๆ
